众所周知次氯酸钠发生器用于自来水消毒是目前水厂有效的消毒方式，但是很多人关于次氯酸钠用于自来水消毒的原理并不是特别理解，次氯酸钠消毒主要的作用方式是经过它的水解构成次氯酸，次氯酸再进一步合成构成重生态氧，重生态氧的极强氧化性使菌体和病毒上的蛋白质等物质变性，从而致死病源微生物。

    其次，次氯酸在杀菌、杀病毒过程中，不只可作用于细胞壁、病毒外壳，而且因次氯酸分子小，不带电荷，还可浸透入菌（病毒）体内，与菌（病毒）体蛋白、核酸和酶等有机高分子发作氧化反响，从而杀死病原微生物。再次，次氯酸产生出的氯离子还能显著改动细菌和病毒体的浸透压，使细胞丧失活性而死亡。
    次氯酸钠在杀灭空压机循环水藻类中的应用，当次氯酸钠投入循环水池中以后，它可穿透细菌的细胞壁，从而杀死细菌及藻类。杀灭的藻类死亡后从波型板及池壁零落，构成淤泥并沉入池底，从而改善了现有冷却塔的热交流效果。在加药的连续期间，水中的残留次氯酸钠对细菌及藻类生成还有一定的抑止作用。
    从而还能减缓藻类的再次构成速度。冷却循环水投加次氯酸钠消毒，确实能够有效地杀死滋生的细菌与藻类，对进步冷却塔的换热效果起到很大的作用。次氯酸钠作为杀菌消毒还是比拟经济的，具有普遍推行应用的前景。次氯酸钠的浓度越高，杀菌作用越强。